Identification of novel cancer biomarkers by longread RNA sequencing

Die Arbeitsgruppe für erbliche gastrointestinale Tumorerkrankungen am Klinikum der Universität München hat in Zusammenarbeit mit dem zentral gelegenen Medizinisch Genetische Zentrum München (MGZ) eine anspruchsvolle Promotionsarbeit anzubieten zum Thema: „Identification of novel cancer biomarkers by longread RNA sequencing“. Das Projekt umfasst die Optimierung und systematische Anwendung von RNA-Sequenzierung mittels der kürzlich am MGZ implementierten Oxford Nanopore Sequenzier-Plattform. Im Gegensatz zur routinemäßig angewandten Shortread-Sequenzierung auf der Illumina-Plattform, eignet sich die Nanopore Plattform besonders für die Identifizierung von tumorgenetischen Veränderungen, die sich auf dem Niveau der RNA-Expression niederschlagen (alternatives Spleißen, alternative Start- und Stopcodons etc.). Die Arbeitsgruppe verfügt über ein umfassendes Panel an RNA-Proben von Patienten mit Tumoren, die auf bisher ungelöster genetischer Grundlage basieren. Das Promotionsprojekt umfasst die Sequenzierung dieser Proben und die Auswertung der Ergebnisse in enger Zusammenarbeit mit der Bioinformatik-Abteilung. Ziel der Arbeit ist es, genetische Grundlagen bisher ungeklärter erblicher Tumorsyndrome zu erfassen und damit neue diagnostische Möglichkeiten zu schaffen, die eine adäquate Prävention und Therapie ermöglichen.