Unser Institut widmet sich der Erforschung, Diagnose und Behandlung von neuroimmunologischen Erkrankungen. Dies sind Autoimmunerkrankungen des Nervensystems. Autoimmunerkrankungen sind Krankheiten, bei denen sich das Immunsystem „irrtümlich“ gegen Substanzen des eigenen Körpers richtet („autos“ ist das griechische Wort für „selbst“). Die bei Weitem häufigste neuroimmunologische Erkrankung ist die Multiple Sklerose.

Das Institut für Klinische Neuroimmunologie wurde 1999 zunächst als Stiftungslehrstuhl der Hermann- und-Lilly-Stiftung gegründet, und ist somit das erste, speziell der Erforschung neuroimmunologischer Erkrankungen gewidmete Universitätsinstitut in Deutschland. In enger Zusammenarbeit mit der Neurologischen Klinik der LMU München, Campus Grosshadern, beraten und behandeln wir Patienten mit Multipler Sklerose, Myasthenia gravis, Lambert-Eaton Myasthenie Syndrom, Polymyositiden, autoimmunentzündlichen Enzephalitiden, paraneoplastischen Autoimmunerkrankungen und anderen neurologischen Autoimmunerkrankungen (Neuroimmunologische Ambulanz; Leiterin: Oberärztin PD. Dr. med. Tania Kümpfel). Die stationäre Betreuung von Patienten mit neurologischen Autoimmunerkrankungen erfolgt in der Neurologischen Klinik. Mehr als die Hälfte der  Mitarbeitern des Instituts sind in der Grundlagen- und translationalen Forschung tätig. Die übrigen Mitarbeiter arbeiten im ärztlichen Bereich und in der klinischen Forschung.

Neben der Diagnostik und Therapie neurologischer Autoimmunerkrankungen gehört die Erforschung der Ursachen dieser Erkrankungen zu den Schwerpunkten unseres Instituts. Traditionell besteht eine enge Zusammenarbeit mit Prof. Dr. med. Hartmut Wekerle (Emeritusgruppe MPI). Am Institut für Klinische Neuroimmunologie vertreten die Arbeitsgruppen um Dr. rer. nat. Florence Bareyre, PD. Dr. rer. nat. Klaus Dornmair, PD. Dr. rer. nat. Naoto Kawakami, Prof. Dr. med. Martin Kerschensteiner, PD. Dr. med. Tania Kümpfel und Prof. Dr. med. Edgar Meinl die Neuroimmunologie in ihrer gesamten Spannbreite. Die Finanzierung unserer Forschung geschieht vorwiegend durch projektbezogene Drittmittel der Deutschen Forschungsgemeinschaft (DFG), des Bundesministeriums für Bildung und Forschung (BMBF), des European Research Councils (ERC) und anderer Institutionen der Forschungsförderung.